След смъртта му, чиято точна дата и място на погребение остават една от най-големите празнини в египетската археология, се случва нещо безпрецедентно. В Египет обожествяването е било запазено почти изключително за фараоните. С Имхотеп обаче държавната машина и културната памет правят изключение. В продължение на хилядолетие той остава в народната памет като исторически мъдрец. Но към Новото царство писарите започват да изливат малко вода от съдовете си за мастило като възлияние в негова чест преди да започнат работа. Той вече не е просто мъртъв везир, а покровител на занаята, знанието и административния ред.
Пълната метаморфоза настъпва през Късния период и епохата на Птолемеите, когато Имхотеп е официално издигнат в ранг на бог – син на занаятчийския бог Птах и смъртната жена Хередуанх. Култовите му центрове в Саккара и Филe се превръщат в древни съответствия на днешните болници и санаториуми. Болни хора от целия средиземноморски свят са се стичали там с надеждата за изцеление чрез сънища (инкубация). Поклонението в Саккара придобива почти промишлени размери, за което свидетелстват милионите мумифицирани птици ибиси – символ на бог Тот и свързания с него Имхотеп – открити в катакомбите под пустинния пясък. Когато гърците стъпват в Египет, те бързо идентифицират този обожествен инженер със своя бог на медицината Асклепий, а римляните по-късно го превеждат като Ескулап.
Парадоксът на днешния музей „Имхотеп“, открит през 2006 г. в подножието на Саккара, е че той излага предметите от живота на един човек, чийто собствен гроб все още липсва. Десетилетия наред археологически мисии – от френски до японски екипи – преорават сектора около пирамидата на Джосер в търсене на неговата мастаба. Числата, стратиграфията и досегашните разкопки обаче мълчат. Има логистични теории, че гробницата му може да е била заграбена и унищожена още по време на размириците през Първия междинен период, или че лежи скрита под по-късните птолемеевски структури.
Историята на Имхотеп е пример за това как един суров чиновник и практичен архитект може да бъде трансформиран от времето. От човек, изчислявал тонажа на варовиковите блокове и организирал провизиите за кралския некропол, той преминава през филтъра на вековете, за да стане символ на науката, бог на лечението и накрая – холивудски злодей. Суровите факти в архивите и по стените на Саккара обаче показват нещо далеч по-интересно от филмовите сценарии: той е бил първият майстор на камъка, който е разбрал, че ако искаш да оставиш следа в историята, трябва да замениш бързо разпадащата се кал с траен, прецизно издялан варовик.
