За да измерят епигенетичната възраст на Джонатан, учените прилагат бисулфитно секвениране на целия геном, сравнявайки неговия профил с този на четири други индивида на различна възраст – от 5-годишния Хач и 12-годишния Смолс до възрастните мъжки Токи и Поки. Очакваната схема предполагаше, че при близо двувековния индивид метилационните маркери ще покажат драстична дезорганизация.
Данните от измерванията покачиха температурата в дискусията. В специфични ДНК региони, отговорни за функционирането на митохондриите – органелите, генериращи аденозинтрифосфат (АТФ) за клетката, – епигенетичният профил на Джонатан се оказа почти идентичен с този на 5-годишната костенурка Хач. Потискането на епигенетичната ентропия в тези конкретни зони подсказва, че енергийният централ на клетката продължава да работи с ефективност, характерна за млада тъкан. Хипотезата на Кларк е, че стабилният митохондриален поток осигурява необходимата химична енергия за постоянната работа на ензимите, ремонтиращи ДНК уврежданията, възникващи под въздействието на метаболитния стрес и радиационния фон.
Тази хипотеза обаче съдържа сериозни пробойни. Суровата биохимия показва, че стабилното метилиране в митохондриалните гени може да бъде просто вторичен продукт от изключително бавния базов метаболизъм на вида Aldabrachelys gigantea, а не активно поддържан защитен механизъм. При ниска нива на консумация на кислород и ниска телесна температура, химическото износване на клетките протича със съвсем друг темп. Още по-рано, при изследвания на палеонтологични находки и сравнителни анатомични серии на влечуги от индийскоокеанските атоли, беше установено, че размерът на тялото и черупката изискват ниски нива на клетъчно делене, което по естествен път забавя натрупването на грешки.
Освен това, изследването стъпва върху изключително малка извадка – общо пет индивида, отглеждани в различни микроклиматични условия и с различен хранителен режим. Твърдението, че именно тези молекулярни характеристики са осигурили почти двувековния живот на Джонатан, остава в сферата на работните предположения. Биологичната реалност изисква много по-широки извадки и систематично проследяване на дивите популации на атола Алдабра, което за момента е финансово и логистично трудно осъществимо.
Докато генетичните лаборатории продължават да обработват биоинформатичните масиви, самият организъм на остров Света Елена функционира в режим на почти пълно физическо износване – Джонатан е с нарушено зрение поради катаракта и е загубил обонянието си, разчитайки изцяло на асистирано хранене от местните ветеринарни служби. Неговият геном със сигурност съдържа важни детайли за еволюцията на сухоземните влечуги, но превръщането на тези единични констатации в общовалидна теория за забавяне на стареенето при висшите организми все още изглежда като твърде пресилен научен оптимизъм.
