Биологичният анализ на екстремните възрастови граници в животинското царство рядко разполага с чиста лабораторна база. При сухоземните влечуги с масивен габарит логистиката е тежка, а възможностите за интервенция – силно ограничени. В случая с Джонатан, чиято възраст се изчислява въз основа на документални записки от XIX век на близо 194 години, администрацията на остров Света Елена отказва вземането на кръвни проби поради реален риск от сепсис и летален изход за животното. Изследователският екип, воден от Стивън Кларк от американската организация "Калел", се задоволява със натривки от слюнка и клетъчен епител от устата. Това методическо ограничение веднага вкарва известна степен на несигурност в последващото секвениране, тъй като пробите съдържат чужд бактериален материал и по-ниска концентрация на чиста домакинска ДНК.
За да заобиколят този проблем, генетиците прочитат приблизително 1,1 милиарда кратки ДНК фрагмента, съпоставяйки ги с референтния геном на костенурката Танк – 36-годишен мъжки от същия вид, чиято кръвна проба е обработена при стандартни лабораторни условия. Молекулярното съпоставяне изважда на повърхността точно 6,9 милиона генетични варианта. За да се отсее баналният вътревидов полиморфизъм от онези мутации, които евентуално имат отношение към физиологическата издръжливост, данните са кръстосани с генома на прочутия Лоунсъм Джордж – последния известен представител на галапагоския подвид Chelonoidis abingdonii.
Биоинформатичният филтър свива списъка до 287 гена с уникални за Джонатан ДНК изменения, променящи структурата на съответните протеини. Тук са засегнати системи, затиснати между класическите механизми за репарация на увреждания в ДНК веригата, поддържането на теломерните участъци и митохондриалния метаболизъм. Това изглежда като логично обяснение за липсата на онкологични изменения при толкова стар организъм, но архивното и биологичното изследване удря в стена: при липсата на функционални тестове върху жива тъкан не може да се определи кои от тези 287 варианта са наистина работещи адаптации и кои са просто неутрални мутации, натрупани за два века живот.
Истинският дебат обаче не се води само в първичната нуклеотидна последователност, а в областта на епигенетиката – начинът, по който клетката управлява четенето на тези инструкции чрез прикрепване на метилови групи към определени участъци от ДНК. С възрастта при повечето бозайници и птици моделът на метилиране се разпада, създавайки епигенетичен шум, който в крайна сметка води до клетъчна недостатъчност и тъканна деградация.
