Разглеждането на въпроса за Всемирния потоп през призмата на инженерната логистика, осадечните скали и палеоклиматологията бързо изважда на повърхността пукнатините в легендата. Ако оставим настрана романтичните предания и религиозния екстаз, всеки опит за пренасяне на библейския разказ в реалността се сблъсква с фундаментален проблем: планетата просто не разполага с нужното количество свободна вода, за да покрие най-високите си планински масиви. За да бъдат потопени върхове от ранга на Арарат (5137 метра), а камо ли Хималаите, обемът на атмосферните валежи и подпочвените резервоари трябваше да бъде увеличен в пъти спрямо наличния днес глобален хидроложки баланс. Хидрогеоложките изследвания и сондажите в ледените кори на Гренландия и Антарктида, съхранили непрекъснат запис на атмосферните утаечни събития за десетки хиляди години назад, не показват нито един глобален, планетарен воден слой, който да съвпада с времевата рамка на човешката история.
Особено пробойна е ситуацията около самото плавателно средство. Ковчегът, описан в книгата Битие с размери от около 300 лакти дължина, 50 лакти ширина и 30 лакти височина, се появява в разказа като гигантски дървен шлеп, обработен с смола и катран. Изграждането на подобна структура от сурово дърво без стоманени силови рамки и нити е технологично непостижимо дори за корабостроителниците от XIX век. Дървените корпуси с дължина над 100 метра неизбежно поддават под усукващите сили на морските вълни, пропускат вода през фугите и се пречупват от собственото си тегло.
Логистиката на изхранването и санитарното поддържане на хиляди животински видове в продължение на повече от година на борда на затворена дървена конструкция граничи с физическата фантастика. Необходимият тонаж от суха храна, прясна вода и специализирани диети за хищници и хищни птици би надхвърлил многократно товароносимостта на подобен съд. Да не говорим за липсата на вентилационни системи, способни да отвеждат метана и азотните съединения от отпадъците на хиляди бозайници през един единствен прозорец на покрива. От гледна точка на ресурсното обезпечаване, този сценарий просто се срива под тежестта на собствения си биохимичен товар.
Търсенето на физически останки от ковчега по склоновете на Арарат е класически пример за това как желаното измества действителното в археологията. Периодичните съобщения за намерени греди, вкаменени лодки или структури под свлачищата в района на планината Куди-Даг и масива Арарат системно се провалят при първия независим лабораторен анализ. Пробите от дървесина, извлечени от прочути структури на голяма надморска височина, при дендрохронологично изследване и радиовъглеродно датиране редовно показват дати от Късното средновековие или Ранното византийско време. Това поставя логичния въпрос дали става дума за останки от параклиси, отшелнически заслони или просто за пренесени от хора строителни материали през по-късни епохи, а не за древно плавателно средство.
Геолозите, работили на терен в източна Турция, категорично посочват, че популярната форма на "лодка" край село Дурупинар е нищо повече от симетрична геоложка гънка (антиклинала), оформена от ерозията и естественото притискане на базалтовите и базалтово-туфовите скали под въздействието на свлачищни процеси. Местната геология произвежда десетки подобни бадемовидни образувания в целия регион, без за това да е била необходима намесата на дърводелци или катран.
