Архивното гробище и въпросът с умишленото погребване
Колкото и мащабни да са били строежите, най-голямата пробойни в досегашните теории идва от слоя, означен от археолозите като Слой II (датиран около 8800–8000 г. пр.н.е.). Слоевете не показват следи от разрушение в резултат на война или земетресение. Структурите с огромните каменни кръгове са били умишлено и системно засипвани с тонове пръст, чакъл и животински кости.
Праисторическите хора буквално са погребали собствените си паметници, за да издигнат върху тях по-малки, по-примитивни правоъгълни сгради, преди окончателно да изоставят мястото. Причините за това засипване остават в областта на хипотезите. Някои изследователи предполагат деградация на местната екосистема поради изсичането на дъбовите гори за строително гориво, докато други виждат смяна на религиозната парадигма. Неумолимият факт е, че благодарение на това умишлено консервиране, релефите на лисици, леопарди, скорпиони и лешояди върху варовиковите блокове са запазени с хирургическа прецизност, ненакърнени от ерозията на хилядолетията.
В сравнение с това, египетските пирамиди в Гиза – построени по времето на IV династия (около 2500 г. пр.н.е.) – са продукт на класическа бюрократична държава. Те разполагат с централизирана администрация, измервателни уреди, плавателни канали по Нил за транспорт на гранит от Асуан и сложна данъчна система. Пирамидите са връх на вече съществуваща държавна машина. Гьобекли тепе е неин прародител, възникнал във време, когато понятието за граници, царе и държава просто не е съществувало.
Разкопките на съседните обекти в региона, като Карахан тепе и Сайбурч, потвърждават, че Гьобекли тепе не е бил изолиран феномен, а част от цяла мрежа от мегалитни центрове в областта Шанлъурфа. Всички те показват сходна архитектурна логика и технологично равнище. Данните фундаментално пренаписват учебниците по праистория, превръщайки Анатолия в люлка на монументалната архитектура хилядолетия преди първата тухла да бъде положена в Месопотамия или Египет.