Изолация, слюнчени тампони и методологически компромиси
Остров Света Елена е географска точка, чиято основна функция в историята винаги е била изолацията и съхранението – било то на свалени императори или на екзотични животински видове. Костенурката Джонатан, пристигнала на този скалист атлантически атол около 1882 година като вече напълно развит екземпляр, носи зад гърба си почти два века биохимичен опит. За разлика от лабораторните мишки, при които външните променливи могат да бъдат строго контролирани, изследването на подобен вековен организъм се сблъсква с фундаментални практически ограничения.
Вземането на кръвни проби от животно с такъв статут и на такава възраст е било изрично забранено от местните административни власти поради риск от инфекции и тъканни увреждания. Поради тази причина изследователският екип, предвождан от Стивън Кларк от фондация „Калеле“, е бил принуден да работи единствено със слюнчени епителни клетки. От биохимична гледна точка това означава работа с фрагментирана ДНК, подложена на непрекъснато замърсяване от бактериалната флора в устната кухина на влечугото. За да се сглоби пълноценна геномна карта, празнините в секвенирането са били запълвани чрез референтен геном от друг, значително по-млад индивид от същия вид (Aldabrachelys gigantea).
Този метод на биоинформатично запълване, макар и стандартен за палеогеномиката и труднодостъпните образци, въвежда известна степен на хипотетичност. Когато сравняваш композитен геном с този на други четири костенурки, изолирането на 287 уникални гена – от които едва 41 с доказана функционална активност – представлява по-скоро статистическа отправна точка, отколкото категорично доказателство за биологично безсмъртие.
