Археологът обикновено работи с твърди, материални следи: строшен керамичен фрагмент, основа на зид, вкопана щерна или въглен от опожарена конструкция. При Ковчега на Завета методологията се сблъсква с пълна празнота. Предметът, който според древния текстови корпус съпроводява израилтяните из пустинните маршрути, марширува пред отрядите, определя култa и накрая бива затворен в Светая Светих на Първия храм, изчезва без следа.
Според Книгата Изход става дума за преносим сандък от акациево дърво (ситeм), обкован с листово злато отвътре и отвън. Конструкцията се носи на дървени пръти през четири ляти златни халки, а капакът е украсен с две крилати фигури. За авторите на древните текстове това не е просто сандък за каменните плочки с декалога, а конкретното физическо подножие на невидимото божество. От гледна точка на древната дърводелска и металургична технология, изработката на подобен обект е напълно възможна за Бронзовата и Желязната епоха в Леванта. Но когато разгледаме историите за неговото пренасяне през река Йордан, обсадата на Йерихон или залавянето му от филистимците при Афек, анализаторът бързо забелязва, че текстът работи по-скоро с епична редакция, отколкото с военен дневник.
За съвременния критичен изследовател тук съществува сериозен методически лимит. Текстовете, с които разполагаме, са с изключително сложен произход, многократно редактирани и окончателно оформени векове след предполагаемите събития. Археологията изследва реални стратиграфски слоеве, материален живот и търговски пътища, но до днес липсва каквато и да е находка от Палестина или Близкия изток, която физически да се идентифицира с Кивота. Разкопките при Кириат-Иарим, предвождани от отряди изследователи като Израел Финкелщайн и Томас Рьомер, разкриват важен административен и религиозен център от VIII век пр.н.е., но техните изводи са категорични: находките помагат да се проследи еволюцията на самия текстов мит, а не да се извади златна кутия от пръстта.
Първият документиран кандидат за премахването на храмовите ценности е фараонът Шошенк I (библейският Шишак), основател на 22-ра династия. Около 925 г. пр.н.е. той провежда мащабна военна кампания в региона. Неговият победен релеф върху стената на храма на Амон в Карнак подробно изброява превзетите градове и селища. Библейският разказ твърди, че при управлението на Ровоам египетският владетел взема съкровищата на храма и златните щитове. Популярната градска култура бързо направи от това извод, че Кивотът е заминал за Египет. Самият египетски списък в Карнак обаче не споменава такъв специфичен обект, а по-късните текстови слоеве – като Втора книга на Летописите – продължават да споменават задълженията на левитите спрямо Ковчега векове след кампанията на Шошенк I. Опитите да се възстанови маршрут от изолиран стих обикновено завършват в научно гробище от спекулации.
Друга традиция, запазена във Втора книга на Макавеите (съставена едва през II век пр.н.е.), прехвърля отговорността върху пророк Йеремия. Според този разказ той взел Кивота, Скинията и олтара, запечатал ги в пещера на планината Нево (в днешна Йордания) и обявил, че мястото ще остане скрито до края на времената. Текстът е късна религиозна пропаганда, написана във времена на криза, а не протокол на очевидец. Въпреки това, тази пещерна версия служи за шаблон на десетилетия иманярски експедиции, които така и не откриват нито един запечатан вход в района на Мадаба.
