Най-голямото противоречие обаче не се крие в празната гробна камера, а в съседните подземни галерии. Там изследователите откриват над 40 000 алабастрови, диоритови и шистови съда. Числата са стряскащи, а изработката на част от тези каменни вази показва твърдост на материала, която трудно се връзва с наличните медни длета от онази епоха. Част от съдовете носят печатите на владетели от Първа и Втора династия — т.е. предци на Джосер. Защо владетелят от Третата династия би погребал десетки хиляди артефакти от своите предшественици в собствения си комплекс? Според някои документи и хипотези става дума за събиране и законсервиране на сакрален държавен архив след период на политическа нестабилност, но твърди доказателства за това липсват.
Стените на част от подземните помещения са били покрити със сини фаянсови плочки, имитиращи тръстикови рогозки. Тази детайлна архитектурна мимикрия показва, че майсторите са се опитвали да пренесат познатите интериори от кал и тръстика в траен камък, защото все още не са имали разработен самостоятелен "каменен" естетически език. Цлият външен комплекс, заграден от масивна стена с височина 10 метра и дължина над километър и половина, съдържа 15 врати, от които само една е истинска. Останалото са 14 каменни имитации. Логиката на тази инфраструктура е колкото практическа (контрол на достъпа), толкова и ритуална, но поддръжката на подобно съоръжение в пустинни условия е изисквала постоянен гарнизон и логистична подкрепа.
Въпреки съвременните Реставрационни работи, които продължават и през последните години с цел укрепване на напукания таван на централната шахта, структурата продължава да изненадва. Откритата през 2018 г. бронзова статуетка на Озирис в пукнатина на западната стена е ярък пример за слоя от интелектуална мъгла, който обгръща обекта. Артефактът от Късния период (поне 2000 години след строителството на пирамидата) показва, че комплексът е бил използван, преработван и почитан векове след като оригиналните строителни планове на Имхотеп са били забравени.
Днес, когато разглеждаме Саккара без романтичния воал на пътеписите от XIX век, виждаме не просто паметник, а свидетелство за първия голям технологичен сблъсък на човечеството с границите на материала. Комплексът на Джосер не е перфектно проектирано чудо, а мащабен експеримент на терен — изпълнен с архитектурни грешки, спешни преустройства и сурова физическа сила.
