Анализът на данните от 2001 година изисква студено отсяване на ентусиазма от суровите физически параметри на терена. Сканирането с висок коефициент на резолюция показва правилни геометрични контури, които ръководителят на екипа, морският инженер Паулина Зелицки, описва тогава като градска структура с широки платформи и пирамидални елементи. Техническото ограничение обаче започва от самия инструмент – батиметричният сонар с ниска честота често интерпретира естествени тектонични разломи, ортогонални пукнатини и кристализационни решетки като изкуствени ъгли. На подобна дълбочина гранитните масиви се разцепват под перпендикулярни ъгли под въздействието на огромно хидростатично налягане и специфични сеизмични напрежения, характерни за карибската тектонична плоча.
Основното научно противоречие тук не е толкова архитектурно, колкото геоложко. За да се намира сухоземна инфраструктура на 650 метра под морското равнище, са необходими колосални тектонични пропадания. Според кубинския геолог д-р Мануел Итуралде-Винен, познат от множество топографски проучвания в региона, вертикално спускане на земната кора с такъв мащаб би отнело десетки хиляди години непрекъсната тектонична активност. Скоростта на регионалното потъване в този участък не надвишава няколко милиметра годишно. Това означава, че ако тези блокове действително са били над водата при изграждането си, това трябва да се е случило във времеви прозорец, когато на Земята не е съществувала позната хоминидна технология за обработка на подобен тонаж.
Оттук възниква и първата сериозна пробойна в популярните теории. Ако изключим тектониката, остава хипотезата за заснемане на обикновена естествена формация, каквито не липсват по целия свят. Подобен пример е скалният комплекс Йонагуни в Япония, където плоските тераси и остри ъгли на пясъчника години наред се бъркаха с изкуствено изсечен комплекс, докато петрографските анализи не доказаха, че става дума за естествена ерозия по протежение на естествени равнини на разцепване.
