Основният проблем при продължителния престой под земята остава психологическият и физиологичният натиск от липсата на естествен денонощен ритъм. В лагерите, разположени на дълбоки скални первази, човешкото тяло губи ориентация за време. Спането в специално проектирани палатки, опънати над калните скали, рядко носят пълно възстановяване. Мускулното изтощение се натрупва с всеки изминал ден, а непрекъснатият шум от капеща или каскадно падаща вода държи нервната система в постоянно състояние на декретирана тревожност.
Най-голямата оперативна опасност в системата Арабика обаче остава внезапното появяване на подпочвени води, предизвикано от валежи на повърхността. Варовиковият масив действа като огромна гъба. Когато над планината препремине буря, водата не се оттича по повърхността, а моментално пробива през хилядите пукнатини на карста. В рамките на броени часове сухите теснини могат да се превърнат в бушуващи колектори, а ниските галерии да бъдат напълно заляти. В историята на изследването на тази пещера има регистрирани случаи, при които нивото на водата в определени сектори се покачва с метри, изтласквайки въздуха и унищожавайки изоставени съоръжения.
Въпреки натрупания опит и съвременната екипировка, преминаването през най-дълбоките нива на Крубера продължава да бъде ограничено от строги физически лимити. Работата с водолазна апаратура на дълбочина над две хиляди метра под повърхността, където трябва да се преминават кални сифони с нулева видимост, поставя под въпрос границите на технологичните възможности. Всяка стъпка надолу е свързана с прецизно анализиране на геоложката стабилност и метеорологичните прогнози горе, защото под земята грешките не се прощават и няма бърз начин за евакуация.
Спускането в подобни системи отдавна е престанало да бъде просто спортно постижение или търсене на силни усещания. То е суров научен труд, свързан с картиране на подземните водоносни хоризонти, събиране на ендемични биологични видове и разбиране на начините, по които водата оформя планетата отвътре. Разходите за подобни предприятия са огромни, а рискът остава постоянно висок, независимо от степента на подготвеност на участниците.
