Биологичният лимит и изчезването от архивите
Амарнското щастие, ако изобщо може да се говори за такова в условията на пясъчни бури, епидемии и икономическа изолация, се сблъсква с биологичния си лимит. Нефертити ражда шест дъщери (Меритатон, Макетатон, Анхесенпаатон, Нефернеферуатон Ташерит, Нефернеферура и Сетепенра). В система, основана на пряка мъжка династична линия, липсата на мъжки наследник от главната съпруга е сериозен държавен проблем.
Около 12-ата или 13-ата година от управлението на Ехнатон името на Нефертити започва да изчезва от официалните надписи в Амарна. По-старата египтология бързаше да обяви това за изгнание, породено от появата на нова съпруга (Кия) или от дипломатическо охладняване. Днес наличният материален материал предлага по-прозаични и сурови обяснения. Анализът на костните останки от некропола в Амарна разкрива епидемия (вероятно чума или грипен щам), преминала през Близкия изток и документирана включително в хетските анали. Напълно възможно е царското семейство просто да е загубило няколко свои членове в рамките на броени месеци, включително принцеса Макетатон и самата Нефертити.
Друга хипотеза, поддържана от изследователи като Марк Гейборд, е че Нефертити не е била прогонена, а е издигната до сърегент под името Анххеперура Нефернеферуатон, управлявайки заедно с Ехнатон в последните му години. Използването на женски имена с мъжки владетелски титли не е прецедент в Египет (както показва случаят с Хатшепсут век по-рано), но липсата на ясен писмен документ оставя въпроса отворен.
Днес архивното гробище на Амарна продължава да ражда противоречия. Неизвестността около мястото на нейното погребение – въпреки гръмките съобщения за скенери в гробницата на Тутанкамон (KV62) от преди броени години – потвърждава, че египтологията все още се бори с пробойни в теорията. Археологията не работи с легенди; тя работи с пластове пръст, счупена керамика и отломки от камък, които за момента мълчат по въпроса за последните дни на тази жена.
