Агро-демографският срив и испанският фактор
Спекулацията, че Мачу Пикчу е бил изненадващо изоставен поради извънземна намеса или организирано бягство със златото на инките, олекотява историческата реалност. Конкистадорите на Франсиско Писаро наистина никога не са стъпвали в Мачу Пикчу – в испанските архиви от 16-ти век (включително подробните данъчни регистри на Кастилия) мястото просто не фигурира.
Истинският унищожител на комплекса не са били испанските мечове, а биологичният товар, който те пренасят. Едрата шарка (Variola major) и шарката, пренесени от Европа, плъзват по Андския регион още преди Писаро да достигне столицата Куско през 1533 г. Депопулацията на Империята на инките (Тауантинсую) достига между 60 и 90 процента от населението в различни области.
Когато централизираната държавна машина в Куско се срива под натиска на гражданската война между Уаскар и Атауалпа и испанската инвазия, логистичните вериги прекъсват. Мачу Пикчу не е бил самодостатъчен земеделски център – неговите тераси са осигурявали само част от храната, предимно царевица за ритуални цели и кока. Комплексът е зависим от доставки на картофи, сухо месо (алпака) и текстил от околните долини. Когато поддръжката на дренажните системи и изворните канали спира поради смъртността сред работническата ръка (мита), мястото просто се обезлюдява за по-малко от две десетилетия. Джунглата на пограничната височинна зона извършва останалото, покривайки гранитните блокове с плътен растителен слой до края на 16-ти век.
